JBackpack ha un notevole numero di opzioni di configurazione che vengono gestite dai cosiddetti profili. Essi sono file che raggruppano tutte queste opzioni di configurazione. Se si apre il menu , saranno visualizzati varie voci di menu concernenti il lavoro con i profili:
È possibile
creare un nuovo profilo (esso resetta tutte le opzioni di configurazione al loro valore predefinito)
aprire i profili salvati
aprire i profili usati di recente
salvare i profili
L'impiego dei profili facilita la copia della configurazione di JBackpack da una macchina all'altra e permette fare delle prove senza rischiare di perdere una configurazione funzionante.